水稻穗頸瘟在揚花灌漿期，受氣候條件影響，很容易大面積爆發。染病后會導致穗頸節壞死，切斷養分通道，從而形成白穗或癟粒的稻穗，造成一定程度的減產。通過增施有機肥、選種等科學的防治能降低水稻穗頸瘟的發病率，主要防治方法如下：
一、整地選種。
1、深翻土地，施足底肥，灌好底墑。
2、選用優良抗病品種，并用新高脂膜（可與種衣劑混用）對種子進行拌種處理（能有效隔離病菌感染，不影響萌發吸脹功能，加強呼吸強度，提高種子發芽率和出苗率）。
3、按要求播種后，用新高脂膜噴灑苗面，能提高幼苗抗病能力，保護其茁壯成長。
二、合理施肥。增施有機肥和P、K，同時噴施新高脂膜，保墑、保肥促吸收，有效預防水稻穗頸部病毒感染。
三、科學用水。防止深水漫灌，保持田間干燥，連陰雨天及時清溝排水。
四、藥劑防治。在破口前2-3天，用40%富士1號乳油+新高脂膜噴霧。根據天氣情況7-10天后再噴藥一次。