生物肥料能有效的改善土壤性狀，提高保水保費能力，使土壤持續供肥能力增加。要使生物肥的肥效得到更好的發揮，出了要注意了解生物肥飛施用方法、肥效作用和類別外，也要了解一些對生物肥有輔助作用的小措施。
施用生物肥有限提倡施肥的“早、近、勻”技術。即施用時間要“早”，一般作基肥、種肥與苗肥施用；施入地點離作物根系要“近”，使生物肥更好的改善根系周圍土壤土質有益于根系生長，而微生物分解的土壤養分也會被作物有效的吸收；種子與苗肥要拌“勻”，提高土壤改善效果。
施用生物肥時也可與有機肥混施，提高施用效果。再次提醒大家要避免陽光長時間直射，施后及時覆土，微生物繁殖環境，不能與化肥、殺菌劑農藥混用，以免影響肥效。