農家肥在蔬菜大棚種植中扮演著非常重要的角色，具有有機質豐富，后勁長的優點，給蔬菜一生的生長提供大量的營養，特別是種植瓜類等生長期長的蔬菜種類，一般底肥都要投入一定量農家肥。但是在用農家肥的時候需要菜農朋友們科學合理的處理，否則農家肥會給蔬菜大棚帶入病蟲害，甚至燒根等情況。在此，1988.TV專家根據實際情況，將農家肥的處理方法介紹如下。
一、處理農家肥的原因
1、害蟲。如果處理不，農家肥中含有根蛆、根螨（雞虱子）、根結線蟲、蛆等。
在此專家特別提一下“根螨”，也就是老百姓通常稱謂的“雞虱子”。這種螨主要危害植株地下部的根系或者根莖部，吸食汁液，能造成植株葉片發黃，生長不良。很多植保人員認為雞虱子不危害植株，這是錯誤的說法。因為沒有認識到這是根螨。大家可以拿到顯微鏡下觀察。
2、病害。土傳病原菌（鐮刀菌、腐霉菌、細菌）等。
3、如果不經過充分發酵，能造成蔬菜苗燒根。
二、處理方法
1、害蟲處理。
菜農們經常自己儲存農家肥在田間地頭的發酵坑內？梢杂眯亮蛄谆蛘叨舅莉+阿維菌素灑在發酵坑內，然后再覆膜；
把糞肥撒到大棚內，先不要急著翻地。要先用毒死蜱+阿維菌素混配然后均勻的噴灑到糞肥表面，一天之后再安排翻地；
2、農家肥發酵。
有兩種方式，一種是在發酵坑內，將生物菌種施用到糞肥里邊；另一種是把農家肥撒入大棚內后噴灑發酵菌，或者翻地后沖施發酵菌種。真正發酵好的農家肥在土壤中不會再發酵釋放大量熱量而燒根，也沒有很大臭味，自然蒼蠅就少。
3、病害。
可以將農家肥撒入大棚后，翻地后進行土壤熏蒸，；糞肥撒入大棚后也可以高溫燜棚3至5天，棚室土壤表層溫度可達60攝氏度，殺滅大部分病原菌。