據市場調查顯示全世界大約有70個國家在生產使用微生物肥料，我國現在生產微生物肥料的企業現在大約有250家，每年生產微生物肥料達到了數十萬噸左右。微生物肥料的大量使用不僅大大改善現在肥料市場綠色肥料產品的空缺，而且也使現在農田因大量使用化肥帶來的污染問題得到了緩解。
現在市場上出現的微生物肥料種類現在已經超過11種，我們比較常見的有復合微生物肥料、生物有機肥、固氮菌劑、根瘤菌劑、放線菌菌劑、有機物料腐熟劑等。而現在微生物肥料生產所用的菌種已經從過去的不到20種，發展成現在的100多種。現在我們國家還對微生物肥料生產所用的菌種的管理制度制定出了初步的監管程序，對于微生物肥料生產所用的菌種的指標作出了初步的指標。使得微生物肥料的生產更加的規范，。這使得微生物肥料的生產從過去的只注重數量發展成現在的數量、質量“兩頭抓”的局面。
現在關于微生物肥料的安檢方面也升級了以前的檢測標準、設備、技術等。而且現在對于參與檢測的人員也進行了定期的專業培訓提高了他們的專業素質。
隨著現在微生物肥料公司的大量出現，微生物肥料的種類也層出不窮，所以國家對于微生物肥料產品的注冊登記也出臺了新的程序和規則，使得產品登記程序逐步規范、科學。
在挑戰與未來需求國際討論會上，各國科學家在21世紀生物固氮增加需求的行動計劃上面制定了關于發展微生物肥料增加豆科和非豆科產量的科學研究項目。我們可以想象隨著以后我們科學技術的發展微生物肥料將會得到更好的發展。