生物肥料是通過微生物生命活動，使農作物得到肥料效應的制品，這種肥料它本身不含營養元素，不能代替化肥。而生物肥料是既含有作物所需的營養元素，又含有微生物的制品，是生物、無機的結合體它可以代替化肥，提供農作物所需的各種營養成分。
現有的生物肥料都以有機質為基礎，然后配以菌劑和無機肥混合而成。為廣泛改善這種一般性和傳統性的狀況，生物肥料產品則遠遠超越了現有概念。擴大至既能提供作物營養，又能改良土壤；同時還應對土壤進行消毒，即利用生物分解和消除土壤中的農藥，并同時對土壤起到修復作用。
生物肥料又稱為菌肥，還有人叫作微生物接種劑。它是經過特殊發酵而形成的一種肥料，施入土壤后，或能固定空氣中的氮素，或能活化土壤中的養分，改善植物的營養環境，或在微生物的生命活動過程中，產生活性物質，刺激植物生長的特定肥料。
廣義的生物肥料泛指利用生物技術制造的、對作物具有特定肥效的生物制劑，其有效成分可以是特定的活生物體、生物體的代謝物或基質的轉化物等，這種生物體既可以是微生物，也可以是動、植物組織或細胞。