冬小麥化肥使用有三種方法：基肥、種肥、追肥。
小麥的基肥選擇以農家肥為主，在其基礎上配合其它種類的化肥施用，有利于小麥分蘗以及促進籽粒的發育。小麥的基肥的選擇和使用要以不同地區的不同土質情況來定，不同的地區其使用量不同。我國北方和南方在使用基肥的時候，以農家肥為主效果，除此之外還要配施定量的氮、磷或者是氮、磷、鉀肥料。
小麥的種肥，主要是在小麥播種的時間將少量的化肥作種肥，可以在小麥出苗是為幼苗提供充足及時的養分，這樣可以促進小麥在越冬前的分蘗和次生根的生長。小麥種肥主要應用在基肥使用不足或者營養物質匱乏的土壤以及晚播麥田中，播種時使用種肥可以有效的調高小麥產量。種肥的使用量一般為每公頃30-45千克尿素或者是每公頃75千克左右的硫酸銨再或者是每公頃使用過磷酸鈣75-150千克。在使用種肥的時候要注意不要把種子和化肥一起使用。還需要注意的就是碳酸氫銨不宜當作種肥使用。
小麥的追肥的使用要針對小麥不同的生長發育階段對營養成分需求的不同，分階段進行追肥。
在小麥苗期是追肥一般在小麥分蘗初期進行，一般以每公頃使用碳酸氫銨75-150公斤或者是尿素45-75公斤或少許的人糞尿等。可以是使苗勻苗壯增加冬前分蘗，特別是對于基本苗不足或晚播麥。