由于早秋氣溫高，所以在這個季節里芹菜苗期管理時，要以青梗芹菜、津南實芹、玻璃脆芹、正大黃心芹、意大利西芹等耐熱性高、生長發育相對較快的中早熟品種。
芹菜在秋季的苗期管理上要注意遮陽降溫、合理施肥、中耕除草。
芹菜苗期管理時要做好遮陽降溫工作，在播種之后需要立即在小拱棚或平棚上覆蓋雙層遮陽網，做到晝蓋夜揭，一直到芹菜出苗，在改成單層黑色遮陽網。在成單層遮陽網后要在晴天的中午中午前后2-3小時蓋網，是與時間揭開。這樣不僅可以遮陽降溫，促進早出苗，提高出苗率，又能保濕，減水管理。
芹菜在秋季的進行肥水管理時次數不可過多，在播種后，只需要保持土壤濕潤即可，每天應澆水一次，在幼苗破心時，可以適當澆施一成濃度的稀糞水用于提苗
在之后可根據苗床濕潤情況，每兩天噴水一次。在定植3d～5d后需要澆緩苗水，在20d～25d后，需追肥一次。在芹菜的中后期需要及時澆水。在收割的前10d停止澆水，利于貯藏。
由于芹菜前期生長發育速度較慢，所以在田壟中易出現雜草。在除草時一般在每次追肥前結合除草進行中耕。由于芹菜根系較淺（特別是分過苗的），中耕宜淺，只要達到除草、松土的目的即可，不能太深，以免傷及根系，反而影響芹菜生長。