多年來，高濃度磷復肥因其高效而深受市場推崇，既方便運輸，農民施用又省時省力，但單施高濃度復肥也帶來很多的危害，主要有以下幾點：一是作物生產需17種必不可少的營養元素，單施高濃度復肥，許多中微量元素不足，造成營養不全面，作物品質下降。二是連年施用高氮復合肥，引起水稻等糧食作物病蟲害連年高發。施氮肥多，作物葉子變得軟弱多汁昆蟲喜食，使得抗病害作用大的鈣、硅含量相對降低，也易引起高產作物倒伏。不僅如此，當遇到農作物病蟲害時，通常利用農藥來滅除，對人類健康和食品不利。此外，許多中微量元素不足也是導致作物抗病力下降，引發病蟲害的主要原因之一。因此不平衡施肥對農作物、對人類及動物的健康均可帶來嚴重危害作用。
同時，化肥產業一味追求高濃度，也帶來磷礦等資源浪費嚴重，面臨短缺等問題。中國科學院院士、廈門大學趙玉芬教授介紹說，我國磷礦儲量僅次于摩洛哥，居世界第2位，我國磷礦消費中，生產磷肥約占75%-85%，黃磷占10%-15%，其他占5%-10%。目前我國磷肥產能大大超過需求量，我國磷資源的減少量每年超過1.33億噸，按這種速度我國磷資源壽命難以維持100年。清華大學材料學院教授蓋國勝介紹說，我國磷礦以中低品位為主，P2O5平均含量＜17%，＞28%的富礦占6.6%（約維持10年），20%-28%中品位占30%（約維持30年）；瘜W磷肥生產主要使用品位＞30%的優質磷礦，僅2010年消耗優質磷3200萬噸；中低品位磷礦因耗酸量大、選礦難度高而廢棄，尾礦堆積成山，污染環境。可見，我國富礦越來越少，磷資源面臨短缺，然而磷肥產業要持續發展，唯有開發利用中低品位磷礦。
此外，我國化肥當季利用率偏低，因而單施高濃度復合肥帶來的環境污染問題日益突出。一般估計，我國中低產田約占我國耕地面積的2/3，高產田占1/3，高產地區糧食產量和施肥量都很高，過量施肥現象普遍，尤其過量施用氮肥的現象相當普遍，化肥的利用率低、損失率高、增產效果低、環境負面影響大，而確定高產田適宜施氮量是達到高產高效環保的關鍵。為此，中科院南京土壤研究所朱兆良院士提出，目前當務之急，需要根據產量、肥料成本和環境成本綜合權衡和確定氮肥適宜施用量，提高化肥利用率和增產效果，降低損失和對環境的影響。
針對目前施用的化學肥料品種過“精”帶來的一系列問題，由13位中科院、工程院院士、15位磷領域專家聯合提出“我國磷科技發展關鍵問題與對策”，建議要控制磷肥生產總量，優化磷肥產業結構：一是將我國年生產磷肥總量控制在1000萬噸P2O5以內，國產磷肥自給率保持在90%左右，不足部分可進口調劑。二是將磷肥生產裝置的總產能控制在1200萬噸P2O5以內，預留適當產能未來建設新技術裝置。三是將需利用高品位磷礦生產的高濃度磷復肥產量占磷肥總產量，由目前的85%逐步降至50%；將可利用中品位磷礦的酸性低濃度磷肥（過磷酸鈣、部分酸化磷礦）占磷肥總產量，由目前的13%提高至30%；使可直接利用低品位磷礦的熱法磷肥（鈣鎂磷肥、熔融磷鉀肥），由目前占磷肥總產量的2%提高至20%，這樣就可能使我國磷資源開采壽命延長至500—600年。
專家分析說，國產中低濃度磷肥是加工中低濃度復合肥的基礎原料，由于加工其磷礦品位較低，因而P2O5含量較低，但其中微量元素含量較高。如過磷酸鈣可提供P、Ca、S、Mn、Zn、Cu等養分，已成為我國硫肥的主要來源。鈣鎂磷肥生產可利用P2O516%-26%的低品位礦，該肥料可以提供P、Ca、Mg、Fe、Mn、Zn等多種養分。這一“五谷雜糧”式的中低濃度肥更有利于作物生長和品質的提高。
同時，許秀成還提出，倡導中低濃度、多營養、功能性復肥取代高濃度、高氮復合肥發展思路，并得到全國鈣鎂磷肥技術進步聯合體32個單位的一致認同，稱其為今后復合肥料新潮流。
為了推動中低濃度復合肥的發展，專家提出：一要通過肥料法規與管理加以引導。我國《復混肥料（復合肥料）》標準（GB15063-2009）將N+P2O5+K2O≥40%的產品稱為高濃度，N+P2O5+K2O≥30%的產品為中濃度，N+P2O5+K2O≥25%的產品為低濃度，并規定單一養分含量不低于4%。日本將化成肥料、配合肥料養分規定≥15%，高度化成≥30%，普通化成15%-30%。美國制定的“肥料法規與管理”要求在包裝上標明不同形態的N、P、K的含量，并規定中微量元素可接受的養分含量，如Ca、S為1%，Mg0.5%，B0.2%，Fe0.1%等，只有高于養分才能在其他養分中表明。專家認為，日本和美國的有關規定更為科學、合理，值得借鑒。二要培育中低濃度復合肥市場。尤其普鈣和鈣鎂磷肥等低濃度的磷肥可在資源地施用，避免長途運輸。三要加大創新力度，走出傳統化肥發展之路。如鄭州大學化工與能源學院與魯西化工合作，建立了年產20萬噸脲硫酸分解磷礦的中濃度、多營養元素、功能性復肥的新裝置，不產生磷石膏的全新生產工藝，將高濃度磷復肥、低濃度酸法磷肥、低濃度熱法磷肥相結合，提供不同形態的磷，不僅提高產量，而且具有增強抗倒伏能力和減輕病蟲害的功能。再如鄭州大學研發的以非水溶的鈣鎂磷肥（簡稱FMP）就地制備全水溶性肥料用于灌溉施肥的全新方案，通過生態工藝代替傳統工藝使低廉的FMP進入高端全水溶肥領域，并打破了灌溉施肥必須采用高濃度品種的傳統做法，大大降低了施肥成本。