番茄腐霉莖基腐病近幾年危害比較嚴重，主要危害剛剛處于緩苗期的番茄，高溫高濕容易發病，俗稱“莖疫病”，對根系危害不大，但是隨著病情發展，會造成死棵。
番茄腐霉莖基腐病主要危害地表上下2至3厘米左右，產生暗褐色病斑，逐漸向上擴展，并繞莖稈一周后，病斑腐爛變褐，變軟并且縊縮。
番茄腐霉莖基腐病發病的主要原因是高溫、高濕天氣的影響，在秋延遲以及越夏種植過程中危害嚴重，如果緩苗水過大，外界溫度30攝氏度以上，會造成該病害大發生。
番茄腐霉莖基腐病防治方法：在番茄定植時可單獨使用96%惡霉靈可濕性粉劑3000倍液或70%甲基硫菌靈（甲基硫菌靈）可濕性粉劑1000倍液，也可分別與72%農用鏈霉素可溶性粉劑2000倍液混合灌根，每株150mL，第6天澆水前再灌第2次，隔7天可灌第3次，防治效果能達到80%以上。或者用惡甲水劑、氟嗎。乙磷鋁、精甲霜靈錳鋅灌根或者噴淋莖基部。