一般而言，棉花爛鈴的主要原因是由于棉花在生長期間施用過多的肥料，引起棉花植株生長過旺，棉花的抗病力相對下降造成棉花爛鈴爛桃的現象；棉花爛鈴因為雨水和田間的濕度過大造成病菌滋生，雨水在鈴殼表面形成水膜，病菌會借助水膜產生分子，通過氣孔漸漸傳入棉花鈴殼，使得棉花鈴殼的纖維細胞組織受到破壞，形成棉花爛鈴的情況。
棉花爛鈴的病菌會漸漸產生分生孢子在適宜的環境水分條件下，在棉鈴上萌發生長出菌絲，侵染棉鈴組織造成棉花爛鈴。棉花爛鈴的原因是由于棉鈴蟲蛀入棉鈴，形成棉鈴蛀孔，而且沖孔內積灰產生大量的病菌，使得棉花爛鈴更為嚴重。
為了及時控制棉花爛鈴的現象，應采取積極有效的措施防治棉花爛鈴。農業人員應對棉花進行加強管理，將棉花種植于通風良好、保水保肥、排灌方便的沙質壤土中，更有利于棉花的生長發育，增強棉花自身的抗病性。
加強棉花間肥水的管理，因為棉花爛鈴，進行調節棉花的結鈴期和結鈴部位，可以減少棉花爛鈴。棉花爛鈴進行及時的整枝，能改善棉田的通風透光的條件，可以減少棉花爛鈴養分的消耗，更有利于棉花增桃，增加棉鈴重，促進棉花早熟，減少棉花爛鈴。
農業人員及時選用藥劑防治棉花爛鈴，選用藥劑噴灑用2.5%多菌靈600倍液或50%托布津1000倍液噴霧可有效防治棉花爛鈴的病害，可以有效的防治棉花爛鈴。