水稻稻曲病會使得水稻谷粒內形成菌絲塊逐漸膨大，水稻的內外穎逐漸裂開，出現淡黃色的塊狀物，水稻植株漸漸呈現出黑綠色，隨后破裂，會散生出墨綠色的粉末，即水稻稻曲病病菌的厚垣孢子，水稻稻曲病的病菌以落入土中菌核或附于種子上的厚垣孢子進行越冬。
在來年環境條件適宜時，菌核萌發產生厚垣孢子，由厚垣孢子再生小孢子及子囊孢子進行初侵染。水稻稻曲病的氣溫24-32℃病菌發育良好，在26-28℃適，低于12℃或高于36℃不能生長，水稻稻曲病隨植株生長侵入水稻花器進行危害，造成谷粒發病形成稻曲病。
水稻生長過程中，施氮過量或穗肥過重加重水稻稻曲病病害的發生。
水稻稻曲病的病菌孢子借助氣流傳播散落，在水稻破口期侵害花器和幼器，造成谷粒發病。
為了及時的防治水稻稻曲病，應及時選用藥劑進行防治。農業人員應加強水稻間的管理，應選用優質、抗病種的品種進行播種，汕優36，揚稻3號，滇粳40號均可進行播種；在水稻稻曲病經常發生期間，選用藥劑開始噴灑稻瘟康按300倍液稀釋，進行噴霧，重點噴藥的部位是水稻植株的上部。
同時還可選用奧-力克稻瘟康50ml+大蒜油15ml，兌水30斤進行噴霧，并添加適量滲透劑如有機硅等，進行水稻全株噴霧，每隔3天用藥2次，可以及時的防治水稻稻曲病；
在水稻抽穗前可選用18%多菌酮粉劑150-200g或于水稻孕穗末期每667平方米用14%絡氨銅水劑250g稻豐靈200g或5%井岡霉素水劑100g，對水50L噴灑。用50%DT可濕性粉劑100-150g，對水60-75L。用40%禾枯靈可濕性粉劑，每667平方米用藥60-75g，在水稻抽穗前7-10天噴用，可以及時的控制水稻稻曲病病害的擴散和蔓延。