化肥具有養(yǎng)分高，肥效快，體積小，運(yùn)輸和施用方便等優(yōu)點(diǎn)。但是，化肥養(yǎng)分濃度高，養(yǎng)分單一，有些含有副成分，如果使用不當(dāng)，會對土壤和作物產(chǎn)生不良影響。首先造成土壤各類養(yǎng)分比例失調(diào)。化肥基本上是單質(zhì)肥料，施入土壤后，打破了土壤原有的養(yǎng)分平衡，長期過量施入而不補(bǔ)充有機(jī)物，土壤有機(jī)質(zhì)消耗過度，養(yǎng)分比例失調(diào)反過來影響化肥的肥效。其次是農(nóng)田生態(tài)環(huán)境遭到破壞。過度施入化肥，通過淋失、揮發(fā)和固定，大量的化學(xué)物質(zhì)進(jìn)入土壤、空氣和水系，致使環(huán)境狀況逐漸惡化，特別是水系化學(xué)物質(zhì)的增加，富營養(yǎng)化嚴(yán)重影響人身。三是土壤理化性狀惡化。長期施用化肥，土壤有機(jī)質(zhì)下降，團(tuán)粒結(jié)構(gòu)性能降低，土壤板結(jié)現(xiàn)象加劇，保肥保水能力降低。四是土壤微生物區(qū)系遭到破壞。
過量化肥，尤其是氮肥對微生物具有殺傷作用和抑制作用，長期施用，大量的微生物死亡，土壤微生物區(qū)系發(fā)生變化，許多有益微生物從優(yōu)勢種群變?yōu)榇我N群，作物易發(fā)生各類病害。五是農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)下降。化肥的肥效較快，對作物前期生長作用明顯，而作物養(yǎng)分積累不利，化肥部分物質(zhì)被作物吸收積累到植物體中，影響產(chǎn)品品質(zhì)。