培育黑木耳，防治病蟲害非常重要。對于黑木耳的病蟲害，我們需要貫徹“以防為主，綜合防治”的植保方針，實行綜合防治。在培育生產中，應該加強在實地觀察，探索、研究以及掌握好病蟲害的產生、發展以及危害規律，以便采取相應的措施，做好防治工作。
，應該盡量的去選擇使用良好的培育場所，對其加以清理，確保衛生，減少病源，給黑木耳創造適宜的生活環境。
第二，應該大力倡導早接，致使黑木耳菌絲體優先占據培養基，降低雜菌的入侵機會。據實踐表面光，只要提早接種栽培的耳袋，出耳率非常高，生長發育又是比較快，雜菌有少；而對于晚接種的耳袋，雜菌通常是非常嚴重。
第三，應該增強科學管理，調整好好栽培環境的氣溫及濕度，重視通風光照程序，增強通風管理，確保培育場所空氣足夠清新。要不斷地將耳場的茅屋草割除清理，清掃害蟲躲藏的地方，致使害蟲以及雜菌不輕易繁殖。若是在耳場周邊挖一條小溝，灌注清水，對避免害蟲入侵具有特定的效果。時常的晾曬耳袋，可以利用紫外線消滅掉蟲卵以及雜菌孢子。輕度產生雜菌的耳袋可以涂刷一到三的生石灰液，也有避免雜菌入侵的功能。與此同時還需要注意不失時機的采收成熟的黑木耳，以避免成熟過度而自隔分解，引發病害蔓延。
第四、若是在栽培場所已經出現了害蟲，可以試用有效地低毒害少濃度的藥劑進行防治，做到“治早、治小、治了”，將害情縮小到小的范圍之內。目前已經被廣泛應用于黑木耳害蟲的農藥有：敵敵畏、生石灰及茶籽餅、敵百蟲、滴滴涕、退菌特、馬拉硫磷（4049）、六六六粉、漂白粉以及三氯殺螨砜等。這些類型的的殺蟲效果都是非常好。在配制以及施用時，需要根據該種藥劑的使用說明進行使用，不能隨意增加濃度，不然的話，不但影響到黑木耳生長發育，還將會遺留下殘毒。施藥選擇在采耳之后進行，防止黑木耳直接承受藥液，降低藥害。
綜上所述，增強人工管理，不斷地改革栽培技術，能夠有效的防治害蟲、雜菌。只有在必須必要的時候，才可以施用化學藥劑。對于施用的需要充分考慮不阻礙黑木耳的正常發育，并且在施藥之后黑木耳沒有殘毒。