現在人們越來越重視身體健康和食品的問題。對蔬菜生產所需的農藥和肥料質量及使用的要求越來越高，因此，近幾年生物菌肥逐漸在各地暫露頭腳。那么， 如何正確選擇生物菌肥？
一、選購生物菌肥時，要注意其是否過了產品保質期，一般超過生產日期1年的生物菌肥活性會顯著降低。再看有無農業部登記證，正規的廠家生產的產品都有農業部登記的證明。還要看包裝袋上標明的活菌數量是否符合國家規定（國家規定生物菌劑有效活菌數≥2億/克，顆粒狀的≥1億/克，復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數≥2000萬/克）。不合格的生物菌肥絕不購買。 二、生物菌肥可以單獨使用，但是與經過腐熟的有機肥混合使用，其效果要遠好于單獨施用有機肥或生物菌肥。生物菌肥不宜與化肥直接混合使用，高濃度的化學物質對生物菌肥里的微生物有毒害作用，尤其要注意不應將菌肥與含硫的化肥（如硫酸鉀等）及草灰混合用，因為這樣的肥料更容易殺死菌肥里的有益菌。
三、在對溫室大棚里的土壤或蔬菜育苗用營養土后，至少要經過10-15天，才可以施用生物菌肥，切記不可施用生物菌肥后再實行土壤。不應同時使用菌肥與劑、殺蟲劑、除草劑。一般先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好劑的種子混合使用。
四、生物菌肥的使用效果和土壤的情況有關。土壤太旱或太濕都不利于生物菌肥效力的發揮，適宜的土壤濕度為60%左右。如果在水田使用，于清晨或傍晚采用噴施的方法。
五、生物菌肥對陽光中的紫外線十分敏感。存放或使用時盡量避免強光直接照射，因此生產上一般不采用地表撒施，可以在陰天或清晨、傍晚于土壤中施用。噴霧時只要在植物的葉片背面均勻噴布即可。
六、生物菌肥可以單獨施用，但是不能完全代替化肥或有機肥，事實是與后兩者混合使用的效果要好于它們的單獨使用。
七、生物菌肥施入土壤后有一個菌群繁殖、壯大的過程。因此，要先于作物需肥期10-15天施用，此后生物菌肥可以長期、均勻、持續地供給作物養分。
生物菌肥使用方法常出現的誤區有哪些？
1、習慣與化學農藥混用
微生物肥料中含有活菌成分，將微生物肥料與殺藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性，降低并造成部分菌死亡。
2、使用量不足
使用微生物肥料產品能取得好的效果，前提是要足量。土壤中的微生物種類繁多、數量，外來有益菌要形成優勢菌群，需要經歷來自環境的考驗和土壤原有微生物的競爭，為了促進有益菌的繁殖需要人為創造有利于有益菌生長的條件，如改良酸化土壤，調整土壤酸堿度；增施有機肥，增加微生物菌的數量等。
3、使用環境不良、產品選擇不對路
多數微生物怕紫外線、高溫，所以土壤表層撒施、高溫強光下噴霧使用一定沒有效果。不同類型的微生物菌劑不要亂用。比如用于糞肥發酵的菌劑主要含量嗜熱菌、等，能夠適應糞肥發酵時產生的高溫環境，而使用一般的菌劑或菌肥就沒有效果。