秋季正值白蘿卜長果階段，一些病蟲害也跟隨而來。蘿卜常見的病蟲害有黑根病、黑腐病、糠心病、病毒病，他們的農藥防治方法現介紹如下：
黑根病主要危害根部。后期顯癥，癥狀出現在側根著生的部位，病部外皮為紫色至黑色，把根毛圍住。未感病部位繼續生長，感病部位縮小且開裂，呈輻射狀條紋向里擴展，致組織變硬，無食用價值。田間排水不良、土壤粘重及反季節栽培易發病。發病初期噴灑72%杜邦克露可濕性粉劑1000倍液或72.2%普力克水劑400倍液，每平方米噴淋2-3升。
病害黑腐病主要危害葉和根。葉片染病，葉緣呈“V”字形病斑，葉脈變黑，葉緣變黃，后擴及全葉。根部染病導管變黑，內部組織干腐，外觀癥狀不明顯，髓部多成黑色干腐狀，后形成空洞。高溫多雨、灌水過量、排水不良、肥料末腐熟、連作及人為傷口或蟲傷多利于發病。藥劑防治可在發病初期噴灑41%的好力克懸浮劑5000倍液、72%農用鏈霉素3000-4000倍液或50%DT可濕性粉劑500倍液，7-10天一次，連續防治3-4次。
糠心病蘿卜肉質根木質部中心部位發生空洞現象稱為糠心，是一種常見的生理障礙現象。起初在木質部薄壁組織大型細胞離輸導組織遠，糖分減少甚至消失，產生細胞間隙，隨之出現氣泡，最后形成糠心。生長期短的早熟品種及肉質疏松的大型品種易糠心。蘿卜生長中后期供水不足、蘿卜抽苔、貯藏期間遇高溫干燥環境等均易出現糠心。要加強肥水管理，保持土壤濕度均勻。蘿卜3-5葉期，每畝用15%多效唑粉劑15克左右兌水50公斤噴霧可防止糠心，并提高產量和品質。貯藏期間溫度控制在0-2度，相對濕度90%-95%為宜。