近年來，隨著種植制度和耕作方式變化，小麥莖基腐病呈逐年快速加重趨勢，已成為我國小麥生產中主要病害之一，對糧食生產構成重大威脅。小麥莖基腐病防治，重點要落實預防措施，抓好保健栽培防病、藥劑“一拌一噴”等關鍵環節，控制病菌前期侵染，降低后期發病程度。具體防治技術方案如下。
加強保健栽培防病
（1）選用抗耐病品種。種植抗病品種是防治小麥莖基腐病的有效措施，各地要根據近年田間觀測和抗性鑒定情況，選擇種植適合當地條件的小麥莖基腐病抗耐病品種，或抗逆性強的品種。
（2）合理輪作。常年發病較重的小麥-玉米連作區，每隔2-3年，玉米與大豆、棉花、花生、蔬菜等作物進行輪作，切斷菌源連續積累的途徑，降低小麥莖基腐病發生危害。重病田改種大豆等經濟作物。
（3）適當深翻。小麥-玉米連作秸稈還田地塊，秸稈盡量打碎腐熟還田，播前土壤深翻，深度約30厘米左右，將表層秸稈或殘留物翻至土層下，壓低病原菌基數，降低病害發生危害。每隔3年深翻一次。
（4）適期晚播。各地應根據當地小麥莖基腐病發生和天氣情況，適當推遲小麥播種時間5-10天，晚播地塊需要適當加大播種量并控制播種深度，適宜的播種深度為3-4厘米。
（5）精耕細管。土地深翻后，耙細整平。合理施肥，忌偏施氮肥。天氣干旱有利于發病或加重病情，田間管理中需注意及時澆水。鹽堿地區采用深層地下水澆地易導致發病加重，宜采用地表水灌溉。
加強種子處理
秋季小麥播種后至越冬前是小麥莖基腐病菌侵染的關鍵時期，采取種子包衣或拌種處理是有效預防發病的關鍵。可結合小麥其他病害的預防，選用含有咯菌腈、戊唑醇、種菌唑、苯醚甲環唑、吡唑醚菌酯、氰烯菌酯、丙硫菌唑、氟唑菌酰胺等成份的藥劑進行種子處理，對小麥莖基腐病的發生具有良好的兼治效果。如采用苯醚·咯·噻蟲懸浮種衣劑、戊唑醇·吡蟲啉懸浮種衣劑或拌種處理小麥種子，在防治小麥散黑穗病或紋枯病的同時，對小麥莖基腐病也有較好的兼治效果。另據田間部分省試驗結果，如三氟吡啶胺等一些新型藥劑防效較好，各地可在進一步試驗的基礎上，逐步擴大示范應用面積。
加強返青期施藥預防
在小麥返青早期施藥可進一步控制莖基腐病的危害。可結合小麥紋枯病等苗期其他病害的防治，可選用含有戊唑醇、氟唑菌酰羥胺、丙環唑、嘧菌酯等成份的藥劑噴施小麥莖基部。如采用戊唑醇、氟唑菌酰羥胺、丙環·嘧菌酯、甲基硫菌靈、氰烯·己唑醇、氰烯·戊唑醇等噴霧預防返青期紋枯病、白粉病等的同時，可起到兼防莖基腐病的效果。同時，施藥時注意調低噴頭高度和方向，適當加大用水量，重點噴小麥莖基部，防治效果更為明顯。（來源：全國農技推廣）