在當前情況下，我們國家的肥料利用率還非常低，其中氮肥利用率占市場的三成左右；鉀肥利用率為七成左右。如果長期使用一種肥料會造成土壤板結，這種現象是非常普遍的。
同時，國家也出臺相關政策支持微生物肥料發展。2012年12月發布《生物產業發展規劃》，將微生物肥料納入到 “農用生物制品發展行動計劃”，提出明確加快突破“保水抗旱、荒漠化修復、磷鉀活化、抗病促生、生物固氮、秸稈快速 腐熟、殘留除草劑降解及土壤調理”等生物肥料的規模化和標準化生產技術瓶頸，提升產業水平。一些農民開始認可和選用 微生物肥料和有機肥，這給生物肥料生產廠家帶來巨大發展商機。
數據顯示，在政策的引導下，近幾年，我國有機類肥料及微生物肥料等新型肥料產業正在快速成長。目前微生物菌肥年 產量900萬噸，年產值150億元，出口產品種類和數量也顯著增加。
目前從事微生物肥料的企業總規模小，尚未有真正領軍型的標桿企業出現。雖然目前有近千家企業在做微生物肥，但真 正具備微生物菌肥行業核心技術——菌種技術研究能力的企業很少，更多企業只是簡單購買菌種混配銷售，對于菌種工藝特 性（耐熱，耐酸堿）、功能特性（防病，促生，抗逆，酶譜系，解磷，解鉀，固氮）、產品保質期等認識不夠，缺乏對菌種技術 相關質量的控制體系與專業人才團隊以及軟硬件的投入。
這使得我國微生物肥料產業依然存在整體水平不高、技術創新不足、產品質量與應用效果表現欠穩定的問題。在農業可 持續發展已是人類共識的今天，這些問題成了阻礙微生物肥行業發展的瓶頸。
目前從事微生物菌研究的企業很少，行業門檻也很低，市場產品質量參差不齊。蘇州市超然生物科技有限公司技術總監 吳總表示，當前行業非常不規范，很多企業的產品打著生物有機肥的旗號，但當中卻沒有相關菌種或菌數不達標。
所以，當前要解決的首要問題就是肥料的發展問題，只有解決了這些問題肥料行業才能健康穩定的發展，才能對國家糧食作出應有的貢獻。