辣椒霜霉病主要危害葉片、葉柄及嫩莖。多雨季節，當氣溫在20-24℃時，發病較重。相對濕度要求在85%以上。陰雨天氣多、灌水過多或排水不及時，田間發病均重。
防治辣椒霜霉病，要早防早治，盡量采取綜合防治的策略。
①農業防治：選用抗病品種，實行兩年以上的輪作。病殘體集中燒毀。配方施肥，合理密植。通過調控棚室內溫濕度，縮短結露持續時間，可控制該病發生。11月至翌年2月保護地溫度10-25℃，濕度在75%-90%時易發病，常采用通風散濕提高棚室溫度防止發病，當晴天上午溫度升至28-30℃時，進行放風，溫度控制在22-25℃，可降低濕度。
②化學防治：預防辣椒霜霉病時可結合其他病害的防治注意噴施保護劑進行預防。可選用72%霜脲氰-錳鋅可濕性粉劑800倍液、90%三乙膦酸鋁可濕性粉劑500倍液、60%琥-乙膦鋁可濕性粉劑500倍液、50%氟嗎啉-錳鋅可濕性粉劑2000倍液、68%精甲霜靈-錳鋅水分散粒劑800-1000倍液、53%甲霜靈-錳鋅水分散粒劑600-800倍液、20%苯霜靈乳油300倍液加75%百菌清可濕性粉劑600-1000倍液、72.2%霜霉威水劑800倍液加70%代森錳鋅可濕性粉劑600-1000倍液、25.75%多抗-福美雙可濕性粉劑1000-1500倍液、60%琥-鋁-甲霜靈可濕性粉劑600-800倍液或75%百-福-福鋅可濕性粉劑800-1000倍液等藥劑噴霧，視病情隔5-7天噴一次。
辣椒霜霉病發病普遍時，可采用下列殺菌劑或配方進行防治：50%烯酰嗎啉可濕性粉劑2000倍液加70%代森聯干懸浮劑500倍液、68.75氟菌-霜霉威懸浮劑1000倍液加70%代森錳鋅可濕性粉劑600倍液、25%甲霜-霜霉威可濕性粉劑700倍液加75%百菌清可濕性粉劑500倍液、10%氰霜唑懸浮劑1000倍液加50%克菌丹可濕性粉劑800倍液、72%霜脲氰-錳鋅可濕性粉劑500倍液、70%丙森鋅可濕性粉劑500倍液、60%唑醚-代森聯水分散粒劑1000-2000倍液或70%呋酰-錳鋅可濕性粉劑600-1000倍液等藥劑，在下雨前進行莖葉噴霧防治（重點噴果），視病情隔7-10天噴一次。
保護地栽培時還可以使用45%百菌清煙霧劑250克/畝、20%百-福煙劑250-300克/畝或20%錳鋅-霜脲煙劑250-300克/畝。傍晚封閉棚室，將藥分放于5-7個燃放點，煙熏過夜或噴撒5%百菌清粉劑l千克/畝。間隔7-10天用一次藥，與噴霧防治交替進行。