春季大田辣椒生產中，常見到辣椒前期生長良好，可突然出現萎蔫；也有的辣椒生長緩慢，僵而不發；還有的落花落果嚴重，這些現象就是我們常說的生理障礙，原因主要是水肥管理的失誤。
肥料因素大棚辣椒定植之前，施用了過多的氮素肥料，氮素的分解使土壤酸化。尿素過量易分解產生二氧化氮氣體，當濃度達2~3毫克/升時，辣椒即會遭受為害。
施用過量的生物有機復合肥，有的農戶每畝施用氮、磷、鉀含量為25%的生物有機復合肥100公斤以上，土壤溶液濃度過大會發生反滲透現象，燒根后引起辣椒葉片蔫萎。
施用了尚未腐熟的有機肥料，也易產生有毒氣體。
春夏露地栽培的辣椒，追施高濃度的水糞，也會導致辣椒燒根，輕者落花落果，重者全株枯死。 土壤缺乏某些營養元素，使辣椒“缺綠”、“失綠”，使之植株營養器官變形。
整體營養狀況較差時多形成中柱花，營養差時多形成短柱花，不能自花授粉而落花。
水分因素陰雨天栽苗，土溫低、土壤板結，辣椒幼苗容易僵老。
當土壤水分不足，空氣干燥時，易使辣椒葉柄彎曲，葉片下垂。
平畦栽培，雨后漬水難排，土壤通氣不良，根系進行無氧吸收，有毒物質積累過多，天氣乍晴辣椒大片死苗。
辣椒坐果之前灌水：降低土溫，造成陡長，推遲掛果時間，降低產量。
水肥管理措施搶晴栽苗。農諺說“寧可一日遲，不可一日濕”。意思就是要搶取晴天移栽辣椒苗，可避免土壤板結、僵苗，有利于根土吻合，縮短緩苗期，快速恢復生長。同時，移栽大田要做到廂窄溝深，或者高畦栽培，以利排水。
適期澆水。除移栽定苗時澆足辣椒定根水外，幼苗返青至開花前一般不再澆水。連續干旱時只需輕度澆水。當幼果長到3厘米左右長時，如遇干旱，可溝灌，進行濕潤管理，切忌大水漫灌，以防倒苗。 合理配施肥料。辣椒對肥料十分敏感，既喜肥又怕肥。
做到有機肥與無機肥相配合，有機肥一定要腐熟。提倡施用生物有機復合肥，或者高能復合肥。 因土因苗酌情施用氮肥，特別是不能施用過量的尿素。
既施氮、磷、鉀等大量元素，也要配施鈣、鎂、鐵、硼、鋅、鉬等中量及微量元素，防止出現失綠、缺綠癥或異形果。
避過高溫，用腐熟的低濃度的清水糞追肥。進入結果期，可視苗情，每隔10~15天，施用清水糞或復合肥追肥提苗。